EHEC: Scientists publish in PLoS ONE their prospective genomic characterization

(29.07.2011) Scientists of the Medical Faculty of the University Münster and the University Hospital Münster in collaboration with scientists of the enterprise `Life Technologies Corporation´ were the first to release a draft genome sequence of a German enterohemorrhagic E. coli (EHEC) 2011 outbreak strain on June 3rd. Their in-depth genomic characterization of this outbreak was published on July 20th in the online open access journal PLoS ONE.

Microbiologist Prof. Dr. Dag Harmsen from the Department of Periodontology in Münster – the corresponding author of this publication - is leading a team responsible for sequencing and conducting the bioinformatics analysis in Münster. "Thanks to the Ion Torrent PGM™ next generation sequencing (NGS) platform we were very quick.

In essence this is the first demonstration where NGS was used in real-time for genomic outbreak analysis. There have already been some publications using NGS to retrospectively analyze outbreaks, but analysis during an ongoing outbreak had not yet been performed (figure).

Basically a new discipline is born, i.e. prospective genomics epidemiology," he explains.

Such rapid sequencing is to be considered a "technical masterpiece, which will have immediate impact on surveillance and diagnostics and most probably in the future also on therapeutics", says Prof. Dr. Wilhelm Schmitz, Dean of the Medical Faculty of the University Münster.

"By comparing the EHEC O104:H4 outbreak genome with a simultaneously sequenced genome of an EHEC O104:H4 isolate from an HUS patient (isolated in Germany in 2001; the HUSEC041 reference strain), we were able to demonstrate that the current outbreak strain was not– as initially suggested - derived from the very similar enteroaggregative E. coli (EAEC) O104:H4 55989 strain but from a yet unknown Shiga toxin-producing O104:H4 progenitor strain", said Dr. Alexander Mellmann of the `National Consulting Laboratory for Hemolytic Uremic Syndrome (HUS) at the Institute of Hygiene, Münster.

The senior author of the PLoS ONE study and head of the Institute of Hygiene, Prof. Dr. h.c. Helge Karch, added, “This study underlined the great importance of the long-term storage of historical HUS isolates that were collected by us since 1996 to understand the evolution of highly-pathogenic EHEC strains.”

Citation:

Mellmann A*, Harmsen D*, Cummings CA*, Zentz EB, Leopold SR, et al. (2011) Prospective Genomic Characterization of the German Enterohemorrhagic Escherichia coli O104:H4 Outbreak by Rapid Next Generation Sequencing Technology. PLoS ONE 6(7): e22751. doi:10.1371/journal.pone.0022751

Mai multe Ştiri

Workshop II de Stomatologie Veterinara

Workshop II de Stomatologie Veterinara

Pe data de 28 octombrie, sambata a avut loc cel de al doilea eveniment din anul 2017 al Asociatiei Romane de Stomatologie Veterinara (ARSV) Workshopul cu titlul "Anestezia loco-regionala, Extractia dentara simpla, extractia dentara chirurgicala si complicata"
Citește mai mult

Maravet Strongest

Maravet - Strongest in Romania

Pentru al III-lea an la rând Maravet intră în grupul companiilor Strongest in Romania.
 “Strongest in Romania” confirmă încrederea de care a dat dovadă compania și capacitatea acesteia de a-și achita obligațiile financiare viitoare.
Citește mai mult

A apărut ediţia a II-a din Ghidul animalelor de companie

ABO MIX S.A. angajează inginer zootehnist și medic veterinar

ABO MIX S.A., având ca obiect de activitate cresterea suinelor si producerea de furaje combinate, cu sediul în Municipiul Satu Mare, str. Depozitelor, nr. 31, jud. Satu Mare, este interesată în angajarea de personal absolventi cu studii superioare de specialitate inginer zootehnist si medic veterinar. 
Citește mai mult

100 de medici din toata tara, la prima ediție a Conferinței Naționale de Stomatologie Veterinară

100 de medici din toata tara, la prima ediție a Conferinței Naționale de Stomatologie Veterinară

Prima ediție a Conferinței Naționale de Stomatologie Veterinară desfășurată zilele trecute, în Capitală, a adunat aproximativ 100 de medici veterinari și studenți din toată țara, dornici să afle, direct de la specialiști, totul despre sănătatea dentară a animalelor de companie!
Citește mai mult

Stanley Bergman

Stanley Bergman - CEO al anului 2017

De mai bine de 80 ani, Henry Schein a fost de mare succes datorita muncii grele si eforturilor nemarginite ale echipei de angajati in numar de 21.000. In ultima saptamana, munca noastra si angajamentul nostru au fost recunoscute in mod special.
Citește mai mult

A apărut ediţia a II-a din Ghidul animalelor de companie

Clinică veterinară universitară pentru animale mici este reconstruită

Până la sfârșitul anului 2020 va fi construită la Universitatea de Medicină Veterinară, o nouă stație centrală pentru animalele mici bolnave și rănite.
Citește mai mult

Bayer_antiparazitare

Evenimente științifice despre paraziții externi și importanța repelenței în prevenirea bolilor transmise de vectori

Maravet în colaborare cu Bayer și IubesteAnimalele.ro vă invită la evenimente științifice despre paraziții externi și importanța repelenței în prevenirea bolilor transmise de vectori în diverse locații din țară.
Citește mai mult

Ştiinţa

Companii

Internaţional

Literatură