EHEC: Scientists publish in PLoS ONE their prospective genomic characterization

(29.07.2011) Scientists of the Medical Faculty of the University Münster and the University Hospital Münster in collaboration with scientists of the enterprise `Life Technologies Corporation´ were the first to release a draft genome sequence of a German enterohemorrhagic E. coli (EHEC) 2011 outbreak strain on June 3rd. Their in-depth genomic characterization of this outbreak was published on July 20th in the online open access journal PLoS ONE.

Microbiologist Prof. Dr. Dag Harmsen from the Department of Periodontology in Münster – the corresponding author of this publication - is leading a team responsible for sequencing and conducting the bioinformatics analysis in Münster. "Thanks to the Ion Torrent PGM™ next generation sequencing (NGS) platform we were very quick.

In essence this is the first demonstration where NGS was used in real-time for genomic outbreak analysis. There have already been some publications using NGS to retrospectively analyze outbreaks, but analysis during an ongoing outbreak had not yet been performed (figure).

Basically a new discipline is born, i.e. prospective genomics epidemiology," he explains.

Such rapid sequencing is to be considered a "technical masterpiece, which will have immediate impact on surveillance and diagnostics and most probably in the future also on therapeutics", says Prof. Dr. Wilhelm Schmitz, Dean of the Medical Faculty of the University Münster.

"By comparing the EHEC O104:H4 outbreak genome with a simultaneously sequenced genome of an EHEC O104:H4 isolate from an HUS patient (isolated in Germany in 2001; the HUSEC041 reference strain), we were able to demonstrate that the current outbreak strain was not– as initially suggested - derived from the very similar enteroaggregative E. coli (EAEC) O104:H4 55989 strain but from a yet unknown Shiga toxin-producing O104:H4 progenitor strain", said Dr. Alexander Mellmann of the `National Consulting Laboratory for Hemolytic Uremic Syndrome (HUS) at the Institute of Hygiene, Münster.

The senior author of the PLoS ONE study and head of the Institute of Hygiene, Prof. Dr. h.c. Helge Karch, added, “This study underlined the great importance of the long-term storage of historical HUS isolates that were collected by us since 1996 to understand the evolution of highly-pathogenic EHEC strains.”

Citation:

Mellmann A*, Harmsen D*, Cummings CA*, Zentz EB, Leopold SR, et al. (2011) Prospective Genomic Characterization of the German Enterohemorrhagic Escherichia coli O104:H4 Outbreak by Rapid Next Generation Sequencing Technology. PLoS ONE 6(7): e22751. doi:10.1371/journal.pone.0022751

Mai multe Ştiri

Forum Practica Veterinara

Workshop imagistică veterinară 1

În intervalul 19-20 aprilie 2019, Forumul pentur Practică Veterinară România, vă așteaptă la cea de-a III-a ediție la Crowne Plaza Hotel - București. Coordonatorul evenimentului este Prof. univ. dr. Mario Codreanu.
Citește mai mult

Ordin pentru modificarea și completarea normelor privind identificarea și înregistrarea câinilor cu stăpân

Ordin pentru modificarea şi completarea Normelor privind identificarea şi înregistrarea
câinilor cu stapân aprobate prin Ordinul preşedintelui Autorităţii Naţionale Sanitare
Veterinare şi pentru Siguranţa Alimentelor nr. 1/2014.
Citește mai mult

Stand Maravet AMVAC 2018_1

AMVAC 2018

Congresul Internațional AMVAC a reunit medici veterinari din întreaga țară și a reușit să-i aducă față în față atât cu companiile de top din domeniul sănătății animalelor cât și cu lectori în domeniul medicinei veterinare.
Citește mai mult

VetTube

GI disorders in dogs: new insights in diagnosis and management

Te invităm să afli noutățile din domeniul managementului și diagnosticului afecțiunilor gastrointestinale la câini!
Citește mai mult

A apărut ediţia a II-a din Ghidul animalelor de companie

4 factori care transformă industria veterinară

Creșterea competiției în mediul online în ceea ce privește vânzarea medicamentelor pentru pureci și căpușe, îmbătrânirea demografică în rândul medicilor veterinari, datoriile generate de studii.
Citește mai mult

A apărut ediţia a II-a din Ghidul animalelor de companie

Workshop „Chirurgia Aparatului Urinar”

Weekend-ul trecut a avut loc workshop-ul „Chirurgia Aparatului Urinar” susținut de Dr. Vitalaru Bogdan Alexandru la Center of Hope în Brănești.
Citește mai mult

Cupa Pescarului Sud

Cupa pescarului veterinar 2018 - Zona Sud

Maravet are plăcerea să vă invite la cea de-a III-a ediție a Cupei Pescarului Veterinar. Evenimentul va avea loc la Greaca-Cercani, judetul Giurgiu în 22-23 iunie 2018.
Citește mai mult

Imagine predefinită

Teaser Überschrift

grwgwre  rgerg er gerg er
Citește mai mult

Ştiinţa

Companii

Internaţional

Literatură